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La storia della casa editrice ha inizio con la figura di Gian Luigi Bonelli (padre dell'attuale editore), sceneggiatore e futuro ideatore di Tex Willer, che nel 1940 rileva da Dante Traini la testata L'Audace fondando così le Edizioni Audace.
Il primo numero del nuovo corso è il 331 datato 18 gennaio 1941. Bonelli dà subito nuovo vigore alla testata cambiando la formula da giornale (che pubblicava più storie contemporaneamente a puntate) a quella che fu denominata albo giornale, con un'unica storia autoconclusiva. Il personaggio di punta della testata è Furio Almirante, scritto da Bonelli e disegnato prima da Carlo e poi da Vittorio Cossio. L'altro personaggio di successo sarà Capitan Fortuna di Rino Albertarelli, pubblicato nel 1942 su una serie di supplementi. La serie principale venne poi affiancata dall'Albo d'Oro Audace che vedrà luce dal marzo del 1943 all'aprile del 1944 per un totale di tredici numeri. L'Audace (che dal numero 385 del 13 febbraio 1942 aveva mutato nome in Albo Audace) chiuderà invece i battenti nel 1944 con il numero 467.
Finita la guerra, la testata riapre nell'agosto/settembre del 1945 sotto la guida di Tea Bonelli, ex moglie di Gian Luigi. Il nuovo corso inizia con la ripubblicazione del vecchio materiale del periodo bellico come Furio e Capitan Fortuna. La sede della casa editrice è a casa della signora Tea, dove vive anche il figlio Sergio, che inizia così la sua gavetta con mansioni varie come il fattorino e il magazziniere. Ben presto però si creerà la necessità di pubblicare nuovo materiale e così l'editore si assicura la collaborazione di importanti autori come Franco Baglioni, che nel 1947 realizzerà Frisco Bill disegnato da Guido Zamperoni, dell'ex marito Gian Luigi Bonelli, che nello stesso anno realizza Ipnos disegnato da Gino Cossio, Paolo Piffarerio, Guido Da Passano e Mario Uggeri, e Roy D'Amy. Negli anni successivi la produzione della casa editrice è particolarmente fiorente, e personaggi sempre nuovi si alternano con grande velocità. I principali personaggi sono Plutos[4], I Tre Bill (entrambi del 1949), Rio Kid (1951, Il Cavaliere Nero e Yuma Kid (entrambi del 1954), I Tre Bill ed El Kid (1955), Hondo e Kociss (1958) tutti scritti da Gian Luigi Bonelli, Mani in alto! (1950), Gordon Jim (1950), Il Sergente York (1954), tutti realizzati da Roy D'Amy. Da Audace il nome cambierà poi in Edizioni Araldo e nel corso degli anni prenderà denominazioni diverse: Cepim, Daim Press, Altamira, fino all'attuale. Il primo vero successo, duraturo e redditizio, dell'editrice è Tex, che nasce nel 1948 dalla penna di Gian Luigi Bonelli, il quale rimarrà d'ora in poi legato al suo personaggio sceneggiandolo per tutta la vita, e dalla matita del disegnatore Aurelio Galleppini. Durante gli anni cinquanta la Bonelli, elaborandolo a partire dalla vecchia "striscia", adottò un nuovo formato, ideando uno standard tuttora chiamato "formato Bonelli": albi squadrati, in bianco e nero, con lunghe storie dalle 96 alle 300 pagine: dei veri romanzi a fumetti. All'inizio degli anni sessanta la direzione passa infine a Sergio Bonelli, già attivo come sceneggiatore (Un ragazzo nel Far West, Zagor) con lo pseudonimo di Guido Nolitta. Mister No nasce nel 1975 ed è un personaggio adatto al mutato clima culturale: moderno e scanzonato, un po' eroe e un po' antieroe, possiede una distinta vena antiretorica. La testata è stata chiusa nel 2006 dopo oltre 30 anni di pubblicazione. Nel 1977 l'uscita nelle edicole di Ken Parker (creato da Giancarlo Berardi e Ivo Milazzo) mette in crisi, per la prima volta, la tradizionale divisione della critica tra fumetto d'autore e fumetto seriale. Grazie all'estrema cura artistica di sceneggiatura e disegni e alla novità dei contenuti, questo "western" atipico e originale attua una vera e propria rivoluzione narrativa del fumetto popolare italiano. La serie di Ken Parker viene interrotta nel 1984, in quanto la qualità delle storie mal si concilia con la quantità della produzione mensile, per riprendere in modo tormentato nel 1996. Nel 1982 esce Martin Mystère, fumetto di successo considerato il punto di passaggio tra le serie classiche della Bonelli (Tex, Zagor, Mister No) e quelle del nuovo corso (Dylan Dog, Nick Raider, Nathan Never), sia per le tematiche trattate che per aver aperto la strada a nuove iniziative di carattere editoriale.
Nel 1986 esce la serie probabilmente più popolare degli ultimi decenni in Italia, destinata a diventare un "caso" anche all'estero: Dylan Dog, creato da Tiziano Sclavi, un fumetto horror destinato a raggiungere per la prima volta la tiratura di 800mila copie mensili, grazie ad un personaggio fortemente originale rispetto ai vecchi eroi dalla Bonelli. In seguito al successo di Dylan Dog, molte case editrici hanno cominciato a pubblicare fumetti nello storico formato bonelliano 16 x 21 cm con foliazione di 100 pagine in bianco e nero. I critici etichettano questi albi con il termine bonellide. Nel maggio 2005 viene avviato l'esperimento delle miniserie con Brad Barron. Le miniserie bonelliane sono serie dalla durata predeterminata, generalmente breve, sviluppate con l'intento di sondare nuove fasce di mercato e adottare un diverso tipo di fidelizzazione del lettore, abituato a serie virtualmente infinite come Tex e Dylan Dog. Sempre a maggio, nel 2006 l'esperimento, visto il buon successo della prima serie breve, prosegue con Demian e nell'ottobre del 2007 con Volto Nascosto. Nel giugno del 2007 con Dragonero parte un'altra iniziativa innovativa per il parco testate dell'editore: i Romanzi a fumetti Bonelli, con cadenza annuale e albi di robusta foliazione, che contengono storie autoconclusive di varia ambientazione e genere. Il successo ottenuto da Dragonero (35 mila copie vendute[5]) spinge la Casa Editrice ad accelerare la pubblicazione del secondo volume dei Romanzi a fumetti (Gli occhi e il buio), distribuito nelle edicole alla fine di ottobre 2007.